Früh lernt er in Gotha die sozialen Reformmaßnahmen kennen die Ernst Fromme betreibt. In Erfurt beginnt er das Studium der Theologie welches er nach Kiel und Hamburg in Leipzig fortsetzt. Maßgeblichen Einfluss übt auf ihn Philipp Jacob Spener aus. 1687 erlebt er seine mit Glaubenskrise und verbundene Bekehrung . Nachdem er als Wegbereiter des Pietismus zunächst in Leipzig dann in Erfurt mit Unruhen und Ausweisungen begleitet für Aufsehen wird er an der Philosophischen Fakultät der Halle Professor für Griechisch und Orientalische Sprachen. hier ist sein Auftreten von heftigen Auseinandersetzungen der lutherischen Orthodoxie begleitet. Kontakte zu maßgeblichen (Canstein dem Militär bis zum preußischen Herrscherhaus) ihm schließlich 1715 eine Berufung in die Stadt.
Die Begründung der Franckeschen Stiftungen stellt sein eigentliches Lebenswerk dar. 1695 begann Francke Kinder in seiner Gemeinde Glaucha zu unterrichten und zu versorgen. Am 18. September 1698 wurde der Grundstein für ein neues gelegt. Innerhalb von 30 Jahren entstanden Schul- Wohngebäude Werkstätten und Gärten. In insgesamt 50jähriger wuchs eine Schulstadt heran in der bis 2500 Menschen lebten und an der Konzeption christlich inspirierten Gesellschaftsreform arbeiteten.
Francke war zunächst auf direkte Spenden sein Unternehmen angewiesen vermochte aber durch Publizistik anstaltseigene Betriebe fiskalische Privilegien etc. die zu steigern.
In seinem Halleschen Unternehmen sah Francke einen Anfang für eine weltweite "Generalreformation" die insbesondere durch Missionsprojekte und Bibelanstalten zu fördern suchte.